Phượng Hoàng Đài Thượng xoay quanh cuộc đời Lăng Thương Thương, nữ hiệp nổi danh giang hồ với võ công cao cường và tấm lòng chính nghĩa, cùng Tiêu Hoán – hoàng đế trẻ tuổi của triều Nam Kỳ. Trong bối cảnh quyền lực cung đình và âm mưu giang hồ chằng chịt, cả hai gặp nhau khi Tiêu Hoán cải trang thành dân thường để thấu hiểu nỗi khổ của dân chúng. Sự đồng điệu về lý tưởng và lòng nhân nghĩa khiến họ sát cánh cùng nhau trừ gian diệt ác, đồng thời nảy sinh tình cảm sâu đậm. Tuy nhiên, mối tình của họ bị thử thách khi Thương Thương là con gái của gian thần thủ phụ, kẻ đối nghịch với Tiêu Hoán, đồng thời là vị hôn thê hoàng hậu tương lai.