Chàng Thư Ký Hoàn Hảo xoay quanh mối tình bí mật chốn văn phòng giữa nam thư ký và nữ giám đốc. Sau khi bị vu khống và bị công ty cũ sa thải, ông bố đơn thân Yoo Eun Ho đến công ty mới và làm việc dưới trướng nữ giám đốc Kang Ji Yoon. Eun Ho là một người hiền lành, dịu dàng, biết quan tâm đến người khác; còn Ji Yoon thì lại mạnh mẽ, hoàn hảo trong công việc nhưng lại vụng về trong tình yêu. Với thế giới quan trái ngược, tình cảm của họ sẽ nảy nở và phát triển như thế nào?